Dopo quella militare anche la Procura di Pisa ha chiuso l'inchiesta sulla morte di Emanuele Scieri, con 5 indagati, prima della scadenza fissata dalla nuova proroga al prossimo luglio, in seguito al deposito della perizia svolta dalla professoressa Cristina Cattaneo, ordinario di medicina Legale all'Università degli Studi di Milano e direttore del Labanof - Laboratorio di antropologia e odontologia forense, sui resti riesumati del 26enne parà siracusano trovato morto nella caserma 'Gamerra' di Pisa il 16 agosto 1999. Tra i cinque indagati dalla Procura pisana per omicidio volontario in concorso ci sono: Andrea Antico, di Rimini, già caporale della Folgore della Folgore ed attualmente in servizio presso il 7/o Reggimento Aves (Aviazione dell'Esercito) di Rimini e consigliere comunale a Montescudo-Montecolombo; Alessandro Panella, di Cerveteri, già caporale dell'Esercito in congedo; Luigi Zabara, di Frosinone, già caporale dell'Esercito in congedo. Ad Antico, Panella e Zabara, tutti e tre 41enni, è notificato lo scorso 12 maggio l'avviso di chiusura delle indagini dalla Procura militare per i reati di violenza ad inferiore mediante omicidio pluriaggravato, in concorso tra loro. Quello compiuto dalla consulente Cristina Cattaneo è definito dagli investigatori un lavoro di "autentica archeologia forense", perché il perito è andato a caccia di nuove lesioni (rispetto a quelle già evidenziate da precedenti esami autoptici) a sostegno del copione accusatorio secondo il quale tre ex caporali avrebbero percosso e costretto la recluta a scalare la torre di asciugatura dei paracadute: dopo averne provocato la caduta lo avrebbero lasciato agonizzante, senza chiamare i soccorsi né avvertire i superiori, determinandone la morte.

A distanza di 20 anni dalla morte è stata riesumata il 14 maggio 2019 nel cimitero di Noto (Siracusa), in presenza dei familiari, la salma di Emanuele Scieri. Le spoglie di sono state inviate all'istituto di medicina legale di Milano dove verrà effettuato un nuovo esame autoptico. A disporre la riesumazione della salma e la autopsia è stata la Procura di Pisa, nell'ambito della nuova inchiesta condotta dal 2018 dal procuratore capo Alessandro Crini e dal sostituto Sisto Restuccia. Il passaggio dell'autopsia è stato considerato dai magistrati della Procura pisana uno snodo fondamentale nell'inchiesta, almeno per confutare la qualificazione del reato ai tre indagati ex commilitoni della vittima. Emanuele Scieri, nato a Siracusa, laureato in giurisprudenza, ha 26 anni quando viene richiamato sotto le armi nel luglio del 1999 e sta già svolgendo pratica in uno studio legale. Finito il Car (il centro addestramento reclute) a Firenze, viene trasferito alla caserma Gamerra con altri commilitoni il 13 agosto. Dopo aver sistemato i bagagli in camerata esce insieme ad altri coetanei per una passeggiata nel centro di Pisa e rientra in caserma alle ore 22.15, ma al contrappello delle 23.45 non risponde.

Nonostante diversi colleghi riferiscano che è tornato in caserma, Scieri viene dato per non rientrato: a quell'ora probabilmente è già morto o è agonizzante. Il cadavere resta ai piedi della scala di una torre di asciugatura dei paracadute - posto solitamente frequentato dagli 'anziani' della caserma - per tre giorni. Solo il 16 agosto viene ritrovato. Nell'estate del 2018 c'è una svolta nelle indagini, dopo che il caso era stato archiviato come suicidio: la Procura di Pisa arresta Alessandro Panella, caporale e capocamerata a cui era stato assegnato e vengono iscritti nel registro degli indagati anche Andrea Antico e Luigi Zabara. La nuova pista da seguire sarebbe quella del nonnismo: secondo la commissione di inchiesta parlamentare, istituita nel 2016 e conclusa a dicembre 2017, nella caserma "avvenivano gravi atti di violenza, non riconducibili a semplice goliardia". Secondo l'accusa, la sera del 13 agosto del 1999 i tre indagati dopo aver fatto spogliare e dopo aver picchiato Scieri, lo avrebbero obbligato a salire sulla torre di asciugatura e poi avrebbero fatto pressione con gli scarponi sulle nocche delle dita. Di qui la caduta a terra della recluta e la fuga dei caporali. Secondo i periti della famiglia Scieri, il giovane morì dopo qualche ora di agonia. Un soccorso immediato avrebbe potuto salvarlo è l'elemento alla base dell'accusa di omicidio volontario visto che il preterintenzionale si è prescritto nell'agosto 2017.